行驶的汽车上坐着一对母子，车外的公路上一群人在奔跑，影片在这时点出了它的名字——《马拉松》。

影片的主人公叫草原，是一个患有自闭症的孩子，母亲帮助他认识淅沥的小雨，清澈的小溪和灿烂的阳光，感受和煦的春风和生命的心跳，并且让他懂得他的心跳与别人没有不同。当然，也让他明白吃饭时不能放屁，让他在吃饭时放屁与到医院打针之间做出选择，选择的结果是，到走廊吸烟的邻居被来走廊放屁的草原惊得香烟落地魂飞天外。

草原喜欢跑步，喜欢跑步时心脏的跳动和清风拂面的感觉，他也喜欢非洲草原上奔跑的斑马，甚至斑马图案的女式背包和斑马条纹面料里裹着的女孩臀部，他也为此吃了苦头。

照顾这样一个孩子，母亲的辛苦是可想而知的，丈夫离开了她，次子对她也产生了误解，她也曾经有过放弃。然而，放弃的结果是使草原的脆弱的心灵受到更大的伤害。身心疲惫的她只有一个信念：“要比草原多活一天”

母亲试图通过长跑来证明儿子与正常人没有不同，在取得一点成绩后，母亲更加坚信自己的想法。其实母亲那里知道，儿子是在忍受着长跑的苦痛，用坚强的毅力支撑着身体，默默顺应着妈妈的意愿，因为他深深的恐惧，自己会被再次遗弃。

在母亲与教练的冲突中，母亲终于明白是自己把意愿强加给了孩子，让无法表达自己感受的孩子承受痛苦，母亲陷入深深自责和困扰之中，她决定让草原放弃马拉松。

然而，此时的草原已经真的喜欢长跑了，象他所喜爱的斑马那样奔跑，期待已久的春川国际马拉松比赛开始了。此时的镜头对准母子紧握在一起的手，儿子在犹豫中试图挣脱，母亲在恐慌中选择了放手。    于是，草原融入了奔跑的人流，途中陌生人的一块巧克力，给了草原母亲般的鼓励和关爱，也表达了导演的创作意图，在爱的马拉松途中也需要陌生人的支持。

草原在自己的世界里奔跑，穿过超市喜欢的巧克力柜台，跑过熟悉的游泳池旁，在原野上同心爱的斑马一起追逐……。当他用2小时57分33秒完成国际42.195公里的马拉松比赛的时候，他证明了自己生命的价值。

影片以细腻的手法，把镜头对准这样一个特殊的人群，这样一群需要爱，需要生命价值体现的个体。马拉松的比赛贵在坚持与不言放弃，爱也是一场马拉松，我们不能放弃身边的每一个人，给所有的生命一份尊重。

这部电影有很多细节性的描述，一只雨中无家可归的小狗与斜躺在墙角的玩具，暗喻了草原与其他正常孩子无法比拟的童年生活。斑马的故事贯穿始终，揭示了主人公成长的艰辛历程。夕阳下摇曳的秋草，汉江两岸层林尽染的红叶，展示了草原逐渐溶入社会并获得自信的快乐。影片结束时，摄影师举起相机，在嘴角机械性地弯曲之后，草原发出了来自内心深处的微笑，这与前面的一组照相镜头形成了鲜明的对比，这也成为本片最经典的画面之一。